せっかくDNSサーバをあげたので、ちゃんと使いたいのですが、 いくつか問題があるようです。 まだ上げてまもないので、まだまだありそうですが、わかっていることだけ書きます。
まず、DNSが分散データベースとなっているということです。 つまり、問い合わせたDNSサーバが知らないとさらに別のDNSサーバに問い合わせようとします。こうすることにより世界中のホストの情報を全て持たなくてもよくしているわけですが、ダイアルアップユーザで接続していない時にDNSサーバを使っているとどうなるでしょうか。
nslookupでやってみるとわかる通り、DNSサーバが知らない情報を得ようとすると止まってしまいます。他のサーバを探しているからです。あきらめるまでに結構時間がかかってしまい、時には困ったことになりかねません。
DNS-HOWTOの中にダイアルアップユーザ向けのnamedの利用の仕方を説明した箇所があります。それによると、接続する時に、namedを上げて、切断する時に落しているようです。このために、/etc/hosts等のファイルを接続時と切断時の両方用意しておきます。多少面倒ですが、一度設定してしまえば普通に使用することができるでしょう。読んで参考にしてみてください。